尖锐湿疣鉴别诊断十分重要，一旦有误诊对患者造成很大的精神伤害。尖锐湿疣常需与生殖器癌、扁平湿疣、假性湿疣、生殖器鲍温样丘疹病及珍珠样丘疹病鉴别。
尖锐湿疣特征
潜伏期3周到8个月，平均3个月，多见于性活跃的青、中年男女，发病高峰年龄为20-25岁，病症过程平均在3-5个月的男女患者传染性最强，在性接触后不久即发病，而病症过程平均12个月的男性患者，其性接触者可不发病。
男性患者好发于包皮系带、冠状沟、包皮、尿道、阴茎、肛门周围和阴囊。病初为淡红或污红色粟状大小赘生物，性质柔软，顶端稍尖，逐渐长大或增多。可发展成乳头状或囊状，基底稍宽或有带，表面有颗粒。在肛门部常增大，状如菜花，表面湿润或有出血，在颗粒间常积存有脓液，散发恶臭气味，搔抓后可继发感染。有“醋酸白现象”。
女性尖锐湿疣生长部位在外阴、阴道、宫颈、肛周，常见两个部位同时发生，局部表现为淡红色或灰色小丘疹，呈疣状突起，常融合形成菜花样赘生物，有性乱史，用5%的醋酸涂后病变处变白。
其它疾病鉴别特征
生殖器癌
生殖器部位癌边界不清，癌有明显的浸润，常形成溃疡，有时应进行病理组织学检查。
扁平湿疣
扁平湿疣为梅毒二期皮疹。扁平湿疣基底宽，无蒂，外观扁平，疣面潮湿、光滑。暗视野显微镜检查可找到梅毒螺旋体，梅毒血清反应为阳性。
假性湿疣
假性湿疣又称女性绒毛状小阴唇，在女性的小阴唇上出现鱼卵状、排列规则的增生物。有自限性，一般无症状，有的局部瘙痒，多见两侧小阴唇对称性分布，少见两个部位同时发生，不融合，无性乱史，5%醋酸涂后不变白。
生殖器鲍温样丘疹病
本病较少见，主要与人类乳头瘤病毒16型感染有关。表现为生殖器部位多发性棕红色小丘疹，直径2～10mm。临床上很像尖锐湿疣，但组织学上类似鲍温病的改变。
珍珠样丘疹
本病发生于男性的龟头，沿龟头冠状沟有排列整齐的大小一致的珍珠样丘疹。本病病因不明，常见于青年男性。
